非法营运车辆往往存在逾期未检验、逾期未报废等问题，无法达到安全技术标准要求。此外，非法营运方使用的车辆为“非营运”性质，不能按照营运车辆相关要求购买承运人责任险、驾驶员人身意外伤害保险等营运车辆相关保险，一旦发生意外事故，乘客的合法权益无法得到保障。

非法营运车辆的驾驶人通常来说并不具备驾驶正规营运车辆的资质，未经过岗前安全培训，安全意识较差。还有一些驾驶人是临时雇佣的，其对行驶路线不熟悉、缺乏经验，一旦遇到紧急情况，这些驾驶人往往无法采取正确的应急措施，极易造成群死群伤的后果。

从事非法营运的当事人，为了追求经济效益往往选择多拉快跑，将交通安全抛之脑后，疲劳驾驶、超员搭载、超速驾驶等违法行为更为突出。

超员超载导致车辆超出其载重量，增加行车时的不稳定性；同时载重越多，惯性越大，制动距离延长，危险性也相应增大。

严重超员超载情况下，轮胎易因负荷过重、变形过大而爆胎，导致失控侧翻等事故。

超员超载车辆一旦发生交通事故、自燃等意外情况，将会给乘客逃生、人员抢救等带来极大困难。

超员的部分乘客没有安全带等安全设施的保护，一旦发生紧急情况，将比其他人员更易受伤，且受伤程度更严重。